Такое игнорирование настроек частот аудиочипом Айфона обычно связано с тем, что внутри музыкального приложения активирована функция прерывания прямого аппаратного декодирования потока, либо системный микшер iOS вошел в конфликт с профилем пространственного аудио ваших беспроводных наушников. Когда включены системные объемные эффекты Apple, они принудительно перехватывают управление звуковой дорожкой и сбрасывают любые кастомные настройки сторонних программ.
Сначала попробуйте разгрузить звуковой тракт от конфликтующих надстроек.
Откройте Яндекс Музыку, перейдите в свой профиль в правом нижнем углу и нажмите на шестеренку настроек. Найдите там раздел „Качество звука“ и полностью отключите тумблер Превосходное качество (HQ), переведя поток на стандартное. Дело в том, что при воспроизведении треков в высоком битрейте кодек lossless иногда блокирует наложение программных фильтров эквалайзера ради сохранения оригинального звука. После этого выйдите из приложения, смахните шторку Пункта управления Айфона, зажмите пальцем полоску громкости ваших наушников и принудительно выключите функцию Стерео в пространстве (Spatial Audio). Попробуйте запустить плеер заново, регулировка частот оживет.